Важным механизмом развития двусторонних отношений является сотрудничество в рамках Диалога «Центральная Азия + Япония», инициированного Большую роль в развитии торгово-экономических отношений играют Узбекско-японский и Японо-узбекский комитеты по экономическому сотрудничеству, образованные в 1994г. 13-е совместное заседание указанных комитетов состоялось в апреле 2016г. в г.Ташкенте.

В августе 2008г. подписано межправительственное Соглашение «О либерализации, взаимной защите и поощрении инвестиций», которое вступило в силу 24 сентября 2009г.

В Узбекистане создано 10 совместных предприятии, в т.ч. одно — со 100% японским капиталом, а также аккредитовано 13 представительств японских компаний.

В период январь-октябрь 2017г. двусторонний товарооборот составил 138,5 млн. долларов.

Общий объем финансово-технического содействия Японии Узбекистану составил более 4,1 млрд. долларов. Благодаря финансово-техническому содействию Японии в Узбекистане реализован целый ряд социально-значимых и инфраструктурных проектов в сферах здравоохранения, образования, энергетики, транспорта, телекоммуникаций и на других направлениях.

С 1999г. в Узбекистане осуществляют деятельность региональные офисы Японского Агентства по международному сотрудничеству (ДЖАЙКА) и Японской организации внешней торговли (ДЖЕТРО), а также Узбекско-японский центр.

Примером успешного взаимодействия может служить сотрудничество между АК «Узавтосаноат» и японской компанией «Исудзу». На базе агрегатов «Исудзу» выпущено около 10 тысячи автобусов и более 11 тысяч грузовых автомобилей. Освоено производство новых моделей грузовых автомобилей, работающих на природном газе.

Успешно развивается сотрудничество в культурно-гуманитарной сфере. Большой вклад в открытие памятников эпохи раннего буддизма на территории южного Узбекистана внес археолог К.Като, который, наряду с бывшим первым проректором Банковско-финансовой академии Узбекистана Т.Китамура и ректором Университета Васэда Т.Окушима награжден орденом «Дустлик».